Експозицията е съчетание от осем основни зали, в които са изложени експонати от цял свят и жива експозиция. Основните зали са: „Минерали“, „Палеонтология“ (нова зала, изградена през 2016 г.), „Ботаника“, „Безгръбначни“, „Риби“, „Земноводни и влечуги“, „Птици“ и „Бозайници“. От 2015 г. музеят има нов експозиционен план, въведен от гл. ас. д-р Огнян Тодоров, в който гръбначните животни са систематично подредени и представени в изкуствено създадени местообитания, които да наподобяват средата, в която те живеят. За целта витрините са с разширен обем, за да могат да пресъздадат максимално местообитанията на видовете. Жива експозиция представя зала „Тропик“, оформена като тропическа джунгла с живи растения и пеперуди.

Младшият стажант в музея Теодор Йонов (на 10 години) ще изнесе публична презентация за динозаврите в Планетариума. Теодор вече има една подобна изява като част от програмата на фестивала за младежко творчество „Млада синя Земя“ през април 2018 г. Неговата презентация „Десетте животни, които се радваме, че са изчезнали“ предизвика голям интерес и вдъхновение сред публиката.